Luật sư Trần Văn Toàn, Văn phòng luật sư Khánh Hưng - Đoàn luật sư Hà Nội trả lời vấn đề này như sau:

Theo Mục 4, Phần II, Thông tư số 15/2001/TT-BTCCBCP ngày 11/4/2001 của Ban Tổ chức cán bộ Chính phủ (nay là Bộ Nội vụ) hướng dẫn thực hiện Nghị định số 68/2000/NĐ-CP ngày 17/11/2000 của Chính phủ về thực hiện chế độ hợp đồng một số loại công việc trong cơ quan hành chính Nhà nước, đơn vị sự nghiệp thì, trường hợp ký hợp đồng lao động (HĐLĐ) không xác định thời hạn với cá nhân trực tiếp làm các công việc nêu tại Điều 1 của Nghị định số 68/2000/NĐ-CP thì ngoài những quy định được ghi trong mẫu hợp đồng do Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội ban hành; cá nhân trực tiếp làm hợp đồng được hưởng các chế độ, chính sách như cán bộ, công chức trong cơ quan hành chính Nhà nước, đơn vị sự nghiệp như sau:

- Được áp dụng bảng lương hành chính do Nhà nước quy định (hiện nay chế độ tiền lương đối với cán bộ, công chức, viên chức quy định tại Nghị định số 204/2004/NĐ-CP) để xếp lương theo ngạch và để làm các công việc nói tại Điều 1 của Nghị định số 68/2000/NĐ-CP;
- Được nâng bậc lương theo thâm niên quy định;
- Được điều chỉnh mức lương khi Chính phủ điều chỉnh mức lương tối thiểu (nay là mức lương cơ sở) hoặc theo thang bảng lương mới do cải cách chính sách tiền lương;
- Được tham gia học tập, bồi dưỡng theo yêu cầu của cơ quan;
-  Được hưởng các chính sách về BHYT, BHXH;
- Nếu được cơ quan cử đi nước ngoài thì được hưởng quyền lợi như cán bộ, công chức,...

Theo quy định này, chỉ có trường hợp ký HĐLĐ không xác định thời hạn với cá nhân trực tiếp làm các công việc nêu tại Điều 1 của Nghị định số 68/2000/NĐ-CP mới được áp dụng chế độ tiền lương đối với cán bộ, công chức, viên chức do Nhà nước quy định tại Nghị định số 204/2004/NĐ-CP.

Trường hợp đang thực hiện HĐLĐ xác định thời hạn 1 năm, căn cứ khoản 2, Điều 22 Bộ luật Lao động năm 2012, sau khi kết thúc thời hạn HĐLĐ xác định thời hạn 1 năm, mà hai bên ký kết HĐLĐ mới là hợp đồng xác định thời hạn thì cũng chỉ được ký thêm 1 lần, sau đó nếu người lao động vẫn tiếp tục làm việc thì phải ký kết HĐLĐ không xác định thời hạn.

Như vậy, sau 2 lần ký HĐLĐ xác định thời hạn, đến khi ký hợp đồng lần thứ ba là hợp đồng không xác định thời hạn, người lao động theo hợp đồng trong cơ quan hành chính Nhà nước, đơn vị sự nghiệp công lập sẽ được áp dụng chế độ tiền lương đối với cán bộ, công chức, viên chức do Nhà nước quy định tại Nghị định số 204/2004/NĐ-CP.
Tuy nhiên, căn cứ vào điều kiện thực tế, người đứng đầu cơ quan Nhà nước, đơn vị sự nghiệp có thể vận dụng quy định tại Mục 4 Phần II Thông tư số 15/2001/TT-BTCCBCP để xếp lương theo Nghị định số 204/2004/NĐ-CP hoặc xếp lương phù hợp với trình độ kỹ năng nghề trên cơ sở thoả thuận cho người lao động ký kết, thực hiện HĐLĐ xác định thời hạn.