Chương trình được thực hiện với tổng mức vốn thực hiện 306.660 tỷ đồng từ năm 2016 đến hết năm 2020 với 3 nhiệm vụ chính: hỗ trợ tái cơ cấu kinh tế nông nghiệp; hỗ trợ phòng chống giảm nhẹ thiên tai; hỗ trợ ổn định đời sống dân cư.

Cụ thể, Chương trình sẽ thực hiện nâng cấp các cơ sở giống ở trung ương và địa phương; đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng đồng bộ cho một số vùng sản xuất giống trọng điểm; sản xuất giống gốc, giống siêu nguyên chủng, giống nguyên chủng, cây đầu dòng, giống cụ kỵ, giống ông bà, đàn hạt nhân; hỗ trợ các doanh nghiệp thực hiện các dự án đầu tư về các lĩnh vực đặc biệt ưu đãi đầu tư (xây dựng cơ sở giết mổ gia súc, gia cầm tập trung; xây dựng cơ sở chăn nuôi gia súc; xây dựng cơ sở sấy lúa, ngô, khoai, sắn, chế biến cà phê; xây dựng cơ sở chế tạo thiết bị cơ khí bảo quản, chế biến nông sản).

Hỗ trợ củng cố, tu bổ hệ thống đê sông, đê biển; công trình phòng chống úng ngập, triều cường; hỗ trợ đầu tư đảm bảo an toàn hồ chứa, khắc phục thiên tai, hạn hán, xâm nhập mặn và cung cấp nước ngọt trên các đảo đông dân cư; bố trí sắp xếp ổn định dân cư cho hộ dân tộc thiểu số còn du canh du cư.

Mục tiêu chung của Chương trình là hỗ trợ ngành trồng trọt và chăn nuôi thực hiện tái cơ cấu theo hướng hiện đại, giá trị gia tăng cao, bền vững, góp phần đạt mục tiêu tốc độ tăng giá trị sản xuất (GTSX) bình quân hàng năm ngành trồng trọt từ 2,5 - 3%, chăn nuôi từ 4 - 5%; chủ động phòng chống giảm nhẹ thiên tai và ổn định đời sống dân cư nông thôn.

Phấn đấu đến năm 2020, tỷ lệ sử dụng giống xác nhận (hoặc tương đương) đối với cây trồng đạt trên 70%; đối với bò thịt, tỷ lệ bò lai đạt 70%; đối với lợn và gia cầm, tỷ lệ sử dụng giống tiến bộ kỹ thuật đạt khoảng 90%. Diện tích cây trồng áp dụng quy trình kỹ thuật tiên tiến được cấp chứng nhận đạt từ 25 - 30 nghìn ha, diện tích cây trồng được ký hợp đồng liên kết tiêu thụ sản phẩm từ 400 - 500 nghìn ha; số lượng lợn chăn nuôi theo quy trình Viet Gahp đạt 5%, gà đạt 15%.

Đồng thời, hỗ trợ 2.000 hợp tác xã thành lập mới và tổ chức lại 90% hợp tác xã nông nghiệp hiện có phù hợp với Luật Hợp tác xã năm 2012; củng cố, tu bổ khoảng 650 km đê biển và 550 km đê sông; chủ động phòng chống và hạn chế thiệt hại do thiên tai gây ra; sửa chữa, nâng cấp, đảm bảo an toàn 1.150 hồ chứa nước vừa và nhỏ;  đáp ứng đủ nước ngọt phục vụ nhu cầu thiết yếu cho dân cư trên 12 đảo lớn, có đông dân cư sinh sống; ổn định đời sống cho 11.500 hộ tại các vùng thiên tai, đặc biệt khó khăn, biên giới, hải đảo, di cư tự do, khu rừng đặc dụng; các hộ sau tái định cư công trình thủy lợi, thủy điện.